UE GMBE33A : Analyse de données en génétique des populations

(http://mon.univ-montp2.fr/claroline/course/index.php?cid=GMBE33A)

 
Responsables : Renaud Vitalis et Raphaël Leblois (Centre de Biologie pour la Gestion des Populations, CBGP)
 

Objectifs : Les objectifs de ce module sont (i) de rappeler les bases théoriques des concepts essentiels de la génétique des populations ; (ii) de détailler les méthodes d'analyse 'classiques' (F-statistiques, isolement par la distance, etc.) et plus récentes (qui reposent, par exemple, sur la théorie de la coalescence) utilisées en génétique des populations ; (iii) de montrer, par des exemples concrets, ce que l'on peut inférer de l'histoire démographique des populations à partir de l'étude du polymorphisme génétique. Le module est organisé autour d'une alternance de cours et de travaux dirigés visant à montrer des cas concrets en biologie de la conservation, biologie évolutive et agronomie.

Calendrier : tous les enseignements auront lieu à Montpellier SupAgro (campus de la Gaillarde) de 15h à 18h15

Lundi 1 décembre 2014 (15h00 - 18h15)

Salle GARRIGUE (Campus SupAgro)

[cours / TD] Les modèles en génétiques des populations : approches ‘forward’,

théorie de la coalescence (Renaud Vitalis et Mathieu Gautier)

Mardi 2 décembre 2014 (15h00 - 18h15)

Salle GARRIGUE (Campus SupAgro)

[cours / TD] Inférence statistique en génétique des populations : méthode des moments,

maximum de vraisemblance, méthodes bayésiennes (MCMC) (Renaud Vitalis et Mathieu Gautier)

Mercredi 3 décembre 2014 (15h00 - 18h15)

Amphi 2 bâtiment 2 bis (campus SupAgro) 

[cours] Modèles spatialisés : isolement par la distance, génétique du paysage, détection de barrières

aux flux de gènes (Raphaël Leblois)

Jeudi 4 décembre 2014 (15h00 -18h15)

Salle GARRIGUE (Campus SupAgro)

[cours / TD] Approches exploratoires : analyses multivariées, assignation et classification

(Mathieu Gautier  et Raphaël Leblois)

Lundi 8 décembre 2014 (15h00 -18h15)

Salle ZENITH (Campus SupAgro)

[cours / TD] Méthodes d’inférence basées sur la simulation : Approximate Bayesian Computation (ABC)

(Renaud Vitalis et Mathieu Gautier)

Mardi 9 décembre 2014 (15h00 -18h15)

Amphi 2 bâtiment 2 bis (campus SupAgro) 

[cours] Méthodes d’inférence basées sur la coalescence : ‘pairwise sequentially Markovian coalescent’,

‘coalescent hidden Markov model’ (Raphaël Leblois)

Mercredi 10 décembre 2014 (15h00 - 18h15)

Salle 11/101 Château (campus SupAgro) 

[cours] ‘Genome scans’ : Détecter la sélection dans les génomes (Renaud Vitalis)

Jeudi 11 décembre 2014 (15h00 -18h15)

Salle ZENITH (Campus SupAgro)

[cours / TD] ‘Genome scans’ : approches basées sur les fréquences alléliques et méthodes haplotypiques

(Renaud  Vitalis et Mathieu Gautier)




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Gestionnaire(s) de GMBE33A : Renaud Vitalis
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